A sua tomada de posição sobre a ditadura e a guerra colonial levam o regime de Salazar a chamá-lo para o serviço militar em 1961, sendo colocado nos Açores, onde tenta uma ocupação da ilha de S. Miguel, com Melo Antunes. Em 1962 é mobilizado para Angola, onde dirige uma tentativa pioneira de revolta militar. É preso pela PIDE em Luanda, em 1963, durante 6 meses. Na cadeia conhece escritores angolanos como Luandino Vieira, António Jacinto e António Cardoso. Colocado com residência fixa em Coimbra, acaba por passar à clandestinidade e sair para o exílio em 1964.
Passa dez anos exilado em Argel, onde é dirigente da Frente Patriótica de Libertação Nacional. Aos microfones da emissora A Voz da Liberdade, a sua voz converte-se num símbolo de resistência e liberdade. Entretanto, os seus dois primeiros livros, Praça da Canção (1965) e O Canto e as Armas (1967) são apreendidos pela censura, mas passam de mão em mão em cópias clandestinas, manuscritas ou dactilografadas. Poemas seus, cantados, entre outros, por Zeca Afonso, Adriano Correia de Oliveira, Manuel Freire e Luís Cília, tornam-se emblemáticos da luta pela liberdade.
Regressa finalmente a Portugal em 2 de Maio de 1974, dias após o 25 de Abril.
Entra no Partido Socialista onde, ao lado de Mário Soares, promove as grandes mobilizações populares que permitem a consolidação da democracia e a aprovação da Constituição de 1976, de cujo preâmbulo é redactor.
Deputado por Coimbra em todas as eleições desde 1975 até 2002 e por Lisboa a partir de 2002 e até 2009, participa no I Governo Constitucional formado pelo Partido Socialista em 1976. Dirigente histórico do PS desde 1974, foi Vice-Presidente da Assembleia da República desde 1995 e membro eleito do Conselho de Estado (de 1996 e 2002 e de novo em 2005). É candidato a Secretário-geral do PS em 2004, naquele que foi o mais participado Congresso partidário de sempre.
Em 2005 candidatou-se à Presidência da República, como independente e apoiado por cidadãos, tendo obtido mais de 1 milhão de votos nas eleições presidenciais de 22 de Janeiro de 2006, ficando em segundo lugar e à frente de Mário Soares, o candidato então apoiado pelo PS.
Em 23 de Julho de 2009 despediu-se do lugar de Deputado, que ocupou durante 34 anos e que deixou por vontade própria nas legislativas de Setembro. Foi reeleito para o Conselho de Estado em Novembro de 2009, tendo cessado funções com a posse dos novos titulares, em abril de 2016.
É sócio correspondente da Classe de Letras da Academia das Ciências, eleito em Março de 2005.
Em Abril de 2010, a Universidade de Pádua inaugura a Cátedra Manuel Alegre, destinada ao estudo da Língua, Literatura e Cultura Portuguesas.
Em Janeiro de 2010, Manuel Alegre anuncia a sua disponibilidade para travar o combate das presidenciais em 2011 e em Maio de 2010 apresenta formalmente a sua candidatura à Presidência da República.
Em maio de 2016, o Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa, afirmou: "Portugal também foi grande e é grande porque Manuel Alegre é português".
Em novembro de 2016, Manuel Alegre foi eleito sócio efectivo da Academia das Ciências, na Classe de Letras, 1ª Secção – Literatura e Estudos Literários.
Em 2017 recebeu o Prémio Camões e foi doutorado "honoris causa" pela Universidade de Pádua.
Em 2018 foi doutorado "honoris causa" pela Universidade de Lisboa.
Manuel Alegre tem sido distinguido por inúmeras condecorações, medalhas e outras distinções.
Manuel Alegre tem edições da sua obra em diversas línguas, nomeadamente italiano, espanhol, alemão, catalão, francês, romeno e russo. A sua obra goza de reconhecimento nacional e internacional, tendo recebido múltiplos e importantes prémios literários.
http://www.manuelalegre.com/101000/1/,000021/index.htm
